磁种捕捉器超级分离水处理器工作时，先将待处理的污水经混合搅拌反应池进行水质预处理，视水质情况先后加入酸度调整剂、絮凝剂、助凝剂、磁种进行搅拌，磁种可为含有微磁性的铁矿石粉或金属铁粉。待完成后经水泵将混合液通过旋流筒的进水口打入水处理器旋流筒内，在水流的作用下包裹有悬浮物及磁种的微磁絮团旋转着向旋流筒喇叭口方向移动，当移至喇叭口时，由于受电磁场的作用，微磁絮团快速向电磁铁方向“跑去”，并随排污口污泥从排污口排出，磁分离后的磁种回磁种投加装置重复使用。分离后的污泥排至集泥池，污泥经压滤机压滤后，干污泥外运处理，压榨水打回混合搅拌池重新处理。除去微磁絮团的水即为处理后的清水，由水处理器上方溢流口流出至清水池，完成整个水处理过程。

　　磁种捕捉器采用全新的水处理理念，利用高强电磁场对水中的包裹有铁磁微粒的混凝絮团进行高速吸引，实现“电磁捕捉”，提高了水处理的速度，比上述传统水处理提高水处理速度十几倍，占地面积不足传统工艺的20～30%，电磁捕捉技术是该实用新型技术的核心。

　　磁种捕捉器克服了传统水处理中微小絮团不宜沉淀，容易随水漂走的缺点，实行强制电磁捕捉牵引，降低了微小絮团的处理难度，提高了出水水质质量。

　　磁种捕捉器电磁牵引的安装有两种模式，一种电磁铁安装在水处理器下端排污口以上锥形体上，另一种电磁铁直接安装在排污口下方的锥形筒体底部。可视不同水处理要求选择。

　　磁种捕捉器超级分离水处理器结构与传统水处理器不同，特别是旋流筒部分与传统旋流器结构工作原理均不相同。传统旋流器作为一种常用水处理设备结构为上部为圆柱体，下部为倒圆锥体，工作原理为离心沉降，待分离的混合液在泵的压力作用下，从旋流器入口以一定压力沿切线方向进入旋流器内，做旋转运动，在离心力和重力的作用下，较大颗粒的悬浮物向筒壁移动，并随水流沿锥体至排污口排出，清水从旋流器上方中间污水口溢出，实现混合液的净化分离，而本水处理器的旋流筒在水处理器中间，上部为圆柱体，下部为喇叭状。经加入混凝剂及磁性物质的混合液沿旋流筒切线方向进入，无须高压水流，只需普通单级泵水流即可，水流进入旋流筒内形成下行漩涡，絮状体随漩涡向旋流筒下方喇叭口移动，待流到喇叭口时，因筒体直径变大，压力降低，絮状体在水流压力、自然重力、电磁场磁力三股力量的作用下，迅速向排污口流去，包裹有水中悬浮颗粒的絮体随污泥从排污口流出。清水则从旋流筒喇叭口外沿随水流从旋流筒外侧的水处理器上方溢流口流出至清水仓。因此无须高压水流，磁场强度可视污水状况及水处理量自由调节，可节约电耗及设备投资。